莆田市氣象局的前身為福建省閩候?qū)Ｊ鹬行臍庀笳尽⒏＝ㄊ￠}候?qū)^(qū)氣象區(qū)、福建省閩候?qū)^(qū)氣象臺(tái)。1971年7月改稱莆田地區(qū)氣象臺(tái)，1983年10月，莆田地區(qū)撤區(qū)建市，莆田市氣象臺(tái)成立，下設(shè)人秘科、業(yè)務(wù)管理科、服務(wù)科、天氣預(yù)報(bào)科。1988年12月，莆田市氣象臺(tái)改稱為莆田市氣象局，下設(shè)辦公室、人事科、業(yè)務(wù)管理科、服務(wù)科、天氣預(yù)報(bào)科。1997年5月機(jī)構(gòu)改革，下設(shè)氣象臺(tái)、人秘科、科技服務(wù)與產(chǎn)業(yè)科。2002年根據(jù)中編制委批復(fù)的《地方國家氣象系統(tǒng)機(jī)構(gòu)改革方案》和福建省氣象局批復(fù)的《莆田市國家氣象系統(tǒng)機(jī)構(gòu)改革方案》，市氣象局內(nèi)設(shè)參照公務(wù)員管理的職能科（室）3個(gè)：辦公室（人事科）、業(yè)務(wù)科技科、政策法規(guī)科；直屬科級(jí)業(yè)務(wù)單位4個(gè)：莆田市氣象臺(tái)、莆田市氣象科技信息服務(wù)中心、莆田市防雷中心、莆田市氣候資源開發(fā)中心；并設(shè)立仙游縣氣象局、荔城區(qū)氣象局、秀嶼區(qū)氣象局3個(gè)縣（區(qū)）級(jí)氣象局。1997年5月莆田市機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)同意成立“莆田市防雷監(jiān)測(cè)技術(shù)中心”，人員編制核定10名，經(jīng)費(fèi)實(shí)行自收自支。
1978年底莆田市氣象臺(tái)有干部職工35人（含1979年分離出的原莆田縣氣象站人員）。現(xiàn)有在職人數(shù)35人，大學(xué)本科20人，大學(xué)專科11人，中專4人，中共黨員18人，共青團(tuán)員2人。離退休黨員13人。
